八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗

白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。 　　在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。

本片以清末民初富可敌国的山西天成元票号的传承为主线，再现了“中国华尔街”金融业的百年兴衰。故事以一个风烛残年老人的回忆贯穿全片：天成元掌门人康老爷（张铁林 饰）膝下共有四子，但老大天生罹患聋哑残疾，老二生性莽撞好斗在一次意外中下肢瘫痪，老四因新婚娇妻在天津被劫惨死而疯癫，只剩下老三（郭富城 饰）可以继承祖宗家业。但康三却对父亲抱有深深的怨恨，原因是他夺走了自己昔日恋人（郝蕾 饰）。 　　康老爷希望她可以为康家添丁，继承香火，但是她誓死不从。康夫人曾多次对康三表露心迹，但后者始终对继母礼让三分，不敢越雷池半